Походу не течет во время дождя, а затекает при езде по глубоким лужам сразу после дождя. Может такое быть?
Может!!! Попробуй осмотреть дренажный шланг климатической установки и его заделку в днище. Для этого:
1. Сними боковую накладку(фото 1) центрального тонеля со стороны ног переднего пассажира, там будет блок кузовного оборудывания(фото 2). Возле него увидишь полый резиновый Г-образный дренажный шланг(он идёт от климатической установки и ухолит под ковровое покрытие пола, фиксируся резинкой с канавкой на его конце в днище кузова в районе усилителя лонжерона).
2. Аккуратно сними накладку порога двери переднего пассажира, осторожно за край приподними ковровое покрыте по направлению к шлангу, про который я написал выше. Когда поднимишь увидишь как он заделан(возможно криво вставлен, или при прочистке на ТО его нечайно приподняли и "юбочка" шланга вылезла в салон, открыв щель в днище для прохода воды).
3. Сними его с днища и вытащи к климатической установке, осмотри шланг(его диллеры чистят на ТО, чем не попадя, кто проволочкой медной, кто отверткой) на предмет повреждений, трщин и следов протечек.
4. Просунь на место.
5. Если шланг не повреждён, то через поднятый ковер пола(со стороны двери переднего пассажира) промаж силиконовым герметиком канавку шланга и вставь на место в днище, проследив что бы вся плоскость канавки плотно прижалась к днищу, а нижняя "юбочка" вся зашла за метал днища(если есть яма или эстакада, то можно с фонариком заглянуть под днще и в отверстии в уселителе лонжерона со стороны пассажира это проконторолировать).
6. Собири всё на место.
Продолжи свои наблюдайения!!! Шансы на устранение причины есть, тем более работ на 15-20 мин!!!
P.S. Фото не мои(из форума о кнопке багажника), но по теме вопроса подходят.