Да, нужно, потому что карта содержит часть OS для обслуживания самой карты, определенной версии, в какой год произведена карта. Т.е . если версия кусочка OS на SD не совпадает с версией которую прошили вы - карта работать не будет. Поэтому просит обновиться. Если вы дальше будете прошивать тему или обновлять на другую чистую стоковую версию, перед обновлением в качестве текущей версии будет отображаться версия OS с карточки.
Насчет 3d. Если 3D нет, значит и нет 900-й. Еще раз прошейте с флешки Migrate 600 to 900.